Около 980 г. мощите му са открити и пренесени в София, а той е канонизиран за светец. През 1183 г. унгарският крал Бела III отвоюва Средец от византийците и отнася мощите му в Унгария, откъдето са върнати след четири години. След Освобождението на България от византийско робство цар Асен I ги пренася в столицата Търново през 1195 г. Св. Йоан Рилски е почитан като общобългарски светец, но славата му се разнася из целия Балкански полуостров и в Русия.
Свети Иван Рилски, наричан още преподобни Иван Рилски Чудотворец, е обявен за изключителен небесен покровител на българския народ и за най-популярния български народен светец лечител, основател на Рилския манастир през Х век. Народната медицина препоръчва при продължителна болест да се направи служба пред мощите на светеца в Рилския манастир.
Свети Иван Рилски има голяма роля и за въздигането на град Средец като важен културен център. В края на живота си Св. Иван Рилски съставя своя „Завет“ – уникален документ, от който са познати четири преписа, един от които и понастоящем е изложен в музея на Рилския манастир. В него светецът завещава на хората да съхранят вярата си непорочна от „всякакво зломислие“ и да се пазят от „сребролюбивата змия“, „защото сребролюбието е корен на всички злини“. В Завета още се казва: „Не търсете да бъдете познавани и обичани от земните царе и князе, нито се поддавайте на тях!“.